داکینگ مولکولی

شرح دوره:

داکینگ پرکاربردترین ابزار برای طراحی محاسباتی دارو می باشد. همچنین داکینگ صحیح ترین روش برای پیش گویی ترکیبات ویژه، جهت مهار اینتراکشن پروتئین- پروتئین و یا مهارعملکرد پروتئین های ویژه است. به همین علت شرکت های داروسازی تعداد بسیار زیادی از ترکیبات را توسط داکینگ تحلیل می نمایند. در صورت نیاز ترکیبات با بهترین نتیجه ی داگینک سنتز شده و در آزمایشگاه تحلیل می گردد. بنابراین روش داکینگ مولکولی نقشی ازرشمند در تحقیقات دارویی ایفا می کند و می تواند روشی موفق و سودمند و با صرفه اقتصادی (کاهش تعداد آزمایشات لازم و صرفه جویی در وقت و هزینه ) در فرایند طراحی دارو باشد.

داکینگ یک الگوریتم خودکار کامپیوتری است که نحوه اتصال ترکیب به جایگاه فعال پروتئین را مشخص می کند. فرایند داکینگ شامل تعیین جهت گیری، ساختار هندسی کنفورماسیونی و رتبه بندی می باشد که رتبه بندی معیار، اندازه گیری انرژی اتصال یا انرژی آزاد است. بهترین جهت اتصال ترکیب و لیگاند با کمترین انرژی مشخص می شود که می تواند یک معیار کمی و عددی باشد. این مقادیر کمی را می توان به اطلاعات سه بعدی از لیگاند - پروتئین تبدیل کرد و با نرم افزارهای مربوطه مشاهده کرد و مورد تجزیه وتحلیل قرار داد.

سرفصل دوره:

مقدمه ای بر مبانی تئوری داکینگ

آشنایی با انواع مطالعات داکینگ

آشنایی با مراحل داکینگ

مواد و روش‌ها

اشنایی وآموزش نرم افزارهای مورد نیاز جهت داکینگ شامل :

Open babel

Mgl tools

Autodock tools

Autodock Vina

انجام عملی یک مورد داکینگ پروتئین- لیگاند به صورت Rigid

انجام عملی یک مورد داکینگ پروتئین- لیگاند به صورت Flexible

آشنایی و آموزش تفسیر و آنالیر نتایج با نرم افزار های pymol  و Ligplot

اهداف دوره:

بدیهی است که این دوره آشنایی با مفاهیم لازم و مقدماتی جهت دوره های طراحی پیشرفته دارو است، لذا مخاطبین محترم در پایان دوره قادرخواهند بود به انجام؛

  • کلیه مراحل لازم جهت بررسی میانکنش پروتئین- لیگاند و آنالیز حاصل از آن
  • طراحی و به کار گیری روش داکینگ در جهت روش های طراحی دارو و طراحی دارو جدید

کاربرد دوره:

استفاده در مطالعات اینتراکشن پروتئین- لیگاند، مطالعه انواع پروژه های داکینگ، استفاده در پروژه های طراحی دارو مبتنی بر پروتئین (رسپتور)، استفاده در پروژه های طراحی دارو مبتنی بر لیگاند( تزکیبات شیمیایی)، استفاده در پروژه های طراحی دارو از طریق غربالگری مجازی (VS) برای شناسایی ترکیبات بالقوه از کتابخانه های بزرگ، استفاده در پروژه های طراحی دارو از طریق فارماکوفور ومطالعه پروژه های ارتباط کمّی ساختار - فعالیت. (QSAR)

مخاطبین دوره:

فارغ التحصیلان و دانشجویان کارشناسی ارشد، و دکترای انواع گرایش های علوم زیستی پایه و بالینی، داروسازی، شیمی دارویی، بیوانفورماتیک، گرایش های مختلف شیمی، بیوتکنولوژی پزشکی و دارویی، بیوشیمی، بیوفیزیک، پزشکی مولکولی، میکروبیولوژی، ژنتیک،باکتری شناسی، پروتئومیکس، ویروس شناسی، ایمونولوژی، قارچ شناسی، انگل شناسی، محققین موسسات تحقیقاتی و شرکت های دارویی .و دانشگاهی.

پیش نیاز

گذراندن دوره بستر محاسباتی

مدت دوره:

دو روز، ۱۰ ساعت